La recuperació del recinte com a equipament comunitari i de serveis per al barri va començar a meitat dels anys noranta. El projecte de l’arquitecte Antoni de Moragas va permetre recuperar l’edifici històric per a la seva nova funció de centre cívic.

Prèviament, s’havien dut a terme els treballs de recerca arqueològica i una intervenció artística que va possibilitar, encara amb l’edifici en desús, fer una primera recuperació de l’espai. L’escultor James Turrell va reconvertir el passadís que condueix de la porta de l’antiga caserna del carrer Comerç fins a l’interior del claustre en un passatge lumínic que destaca per la seva singularitat. Va ser inaugurat el juliol del 1992.

El conjunt històric del convent va ser objecte de successives actuacions per tal d’anar adequant espais a nous usos i serveis, com el Museu de la Xocolata, una secció de l’Arxiu Històric de la Ciutat, un centre de Barcelona Activa o una biblioteca del MNAC.

La intervenció més destacada va ser la que, a primers de la nova dècada, va permetre rehabilitar la secció de l’antic convent adjacent al carrer Tantarantana, adequant l’edifici per a centre de serveis personals i ampliant les dependències del centre cívic. En aquesta fase, es va instal·lar la gran vidriera que exerceix de façana de l’edifici a la plaça de l’Acadèmia.

Entre les dues grans etapes de la intervenció al conjunt de l’antic convent, es va dur a terme la urbanització de les dues places exteriors, la de l’Acadèmia i la de Pons i Clerch, així com del carrer Tantarantana.

En els últims anys, la recuperació d’espais per a nous usos s’ha completat amb dues actuacions més. Per una banda, la rehabilitació del claustre gòtic, i de l’altra, la rehabilitació de les cinc capelles annexes al claustre del convent, les quals formaven part de l'antiga església de Sant Agustí, destruïda el 1714 en la Guerra de Successió Espanyola, i que havien quedat com un espai tancat i en desús.